Bioinformatikk
Bioinformatikk
En viktig del av arbeidet dreier seg om å analysere DNA på en mest mulig effektiv og presis måte. Det er mange steg i analysen, og hver av disse må optimaliseres for å unngå feil. Feilene kan være både å miste mutasjoner som egentlig finnes, og å finne mutasjoner som egentlig bare er teknisk støy.
Vi arbeider sammen med «International Cancer Genomics Consortium» for å få dette best mulig. Samtidig må analysen være raskest mulig, og den må kunne la seg gjøre innenfor de regneressursene vi har til rådighet.
Datamengdene vi snakker om i dette arbeider ligger innenfor det som kalles tungregning. Det gjelder både for kravene til lagringsmengder og til regneressurser. Vi samarbeider med Universitetet i Oslo for å etablere løsninger som både er tilstrekkelig sikre for pasientsensitive data, og som samtidig har tilstrekkelig kapasitet til å håndtere de ressurskrav som stilles til datamengder og beregning. Men dette er bare en del av det vi arbeider med.
Vi utvikler også løsninger for å samle sammen mest mulig kunnskap om hver mutasjon fra forskjellige internasjonale kunnskapskilder. Dette gjør vi for å legge til rette for tolkningsarbeidet for hver enkelt mutasjon i hver kreftsvulst. Vi samarbeider også med biologene for å forstå sekvenseringsdataene for hver kreftform best mulig.
NCGC bioinformatikkgruppen er også partner i Big Insight Centre for Research-based Innovation. Big Insight, statistics for the knowledge economy, er et nystartet “Senter for forskningsdrevet innovasjon” (SFI) som startet opp i april i år. Senteret skal bidra til økt verdiskapning i samfunnet gjennom å utvikle nye statistiske metoder og verktøy for håndtering og sammenstilling av store og komplekse datasett, “big data”, for privat og offentlig sektor. I senteret inngår Oslo Universitetssykehus med NCGC-partner Eivind Hovig. I tråd med målene i NCGC er en sentral ambisjon i Big Insight å utvikle statistiske redskaper for personrettet behandling, heller enn behandling på gjennomsnittsantakelser i større pasientgrupper, og Hovig tror på gode synergieffekter mellom NCGC og Big insight.
Deltakerne i NCGCs bioinformatikkgruppe er postdoc Sigve Nakken, PhD-student Daniel Vodák, programmerer Ghislain Fournous og prof. Eivind Hovig