Teknologi

Avlesning av kreftgenerNext generation sequencing of cancer genes

NCGCs genomikkplattform ledes av Leonardo A. Meza-Zepeda, som er ansvarlig for Kreftgenomikkfasiliteten ved OUS. I forskningsbygget på Radiumhospitalet og ved St. Olavs Hospital i Trondheim finner du kjernefasilitetene som gjør det mulig å forske innen kreftgenomikk. Maskinparken er kostbar og utdateres relativt raskt, men kapasiteten er stor - ved avdeling for tumorbiologi kjøres maskinene døgnet rundt. Store fremskritt innen sekvenseringsteknologi gjør det i dag mulig å sekvensere hele genomet eller deler av et genom i løpet av noen dager. Den nye generasjonen av instrumenter, genererer milliarder av basepar i et enkelt løp, og hjelper forskeren å forstå kreftgenomikk og biologi.Leonardo A. Meza-Zepeda, who is in charge of the Cancer Genomics Core facility at OUS, is also the leader of the NCGC Genomics Platform. In the Research Building at the Norwegian Radium Hospital in Oslo and at St. Olavs Hospital in Trondheim you find the Core Facilities which makes cancer genomics research possible. The equipment is expensive and needs constant upgrading, but the capacity is great - at the Department of Tumor Biology, the machines run 24 hours a day. Huge improvements within sequencing technology makes it possible to now sequence a whole human genome or parts of a genome within days. The next generation sequencers, reads billions of base pairs in a single run, enabling researchers to better understand cancer genomics and biology.

Dette er såkalt “nestegenerasjons-“ eller “massiv parallell” sekvensering, der avanserte maskiner kan sekvensere ørsmå mengder av hundrevis av millioner DNA-molekyler parallelt. Det gjør dem svært effektive, og miniatyriseringen gjør at reagenskostnadene blir sterkt redusert. Dette skaper enorme mengder data om genenes variasjon, aktivitet og hvilke endringer som har skjedd i svulstene, de såkalte mutasjoner.

I dette prosjektet bruker vi denne teknologien til å analysere strukturen til alle menneskets 22 000 gener for å finne mutasjonene i kreftsvulstene. Disse blir så sammenlignet for å finne ut hva som er viktig, og de bestemte mutasjonene som kan si noe om svulsten er følsom for målrettede kreftmedisiner blir undersøkt spesielt nøye. Vi undersøker også alle gener som kan antas å være viktig for selve kreftprosessen, for å få dypere kreftbiologisk forståelse som kan føre til nye behandlingsprinsipper.

Vi har også etablert enklere metoder som er fokusert på de mutasjoner som allerede er aksepterte biomarkører for behandlingsvalg, og som prøves ut av klinikere og patologer med tanke på å tas i bruk i rutinen. Disse metodene kan brukes for å identifisere pasienter som kan ha nytte av å delta i bestemte kliniske utprøvinger.

Meskinene på Radiumhospitalet er finansiert av Radiumhospitalets Legater.

Se mer informasjon om nestegenerasjons-sekvensering

NCGC Intranett