Publisert i Nature Communications

Mange ulike metoder er utviklet for å påvise variasjon i menneskets arvestoff basert på data fra «nestegenerasjons»sekvensering, slik vi produserer i NCGC. ICGC har imidlertid påvist at avhengig av metodene og hvilke innstillinger man bruker, får ulike grupper ganske forskjellige resultater selv om de ser på det samme datasettet. Dette ga støtet til et omfattende internasjonalt samarbeid for å komme frem til felles standarder for analysene og et sett med metoder som gir mest mulig pålitelige resultater. Denne innsatsen er midt i NCGCs målsetning, – å etablere gode standarder for bruk av slike metoder i det norske helsevesen, slik at pasienter i alle regioner får likeverdige diagnoser og behandling.

Utgangspunktet for studien var en sammenligning ICGC hadde gjennomført, der 14 av de fremste bioinformatikkmiljøene hadde fått utlevert samme datasett fra fullgenomsekvensering av kreftprøver, og hver for seg skulle bruke sin beste metode for å identifisere mutasjoner i svulstene.

Bildet viser hvor mange av gruppene som identifserte samme andel av punktmutasjonene, indikert med ulike farger. For større mutasjoner (indels) var forskjellene betydelig større.

DIsse dataene, og de i den publiserte studien, er fra fullgenomsekvensering, en langt mer omfattende og kostbar metode enn «eksomsekvensering» slik NCGC gjør, der bare selve genene blir sekvensert. Prinsippene for identifikasjon av mutasjoner er likevel ganske like, bortsett fra at vi sekvenserer hver posisjon mange flere ganger, noe som gir mer pålitelige data. I den publiserte studien sekvenserte de imidlertid hele genomet til prøvene 300 ganger, tilsvarende det vi gjør, for å fastslå hvor sikker metodene var. Ved å prøve ut mindre tilfeldige uttrekk kom de frem til at de aller fleset mutasjoner påvises når både tumor og normalprøve sekvenseres ved 100x, men at det kan være nødvendig å sekvensere enda dypere for å påvise mindre subkloner i svulsten.

Du kan lese artikkelen her.

Les mer om NCGCs Bioinformatikkteam.